Hầu hết nước thải từ các hoạt động sản xuất nông nghiệp, công nghiệp, làng nghề và nước thải sinh hoạt không được xử lý hoặc xử lý chưa đạt tiêu chuẩn môi trường khi xả thải vào hệ thống.
Theo điều tra của Sở TN-MT tỉnh Vĩnh Phúc, mỗi ngày ít nhất từ 34 - 43 ngàn m3 nước thải và hàng trăm tấn rác thải đổ về sông Phan. Qua kiểm tra, nồng độ BOD5 vượt từ 1,9 - 2,2 lần; nồng độ COD vượt từ 2,6 đến 2,8 lần; Amoni vượt từ 1,2 - 1,6 lần so với tiêu chuẩn QCVN 08. Xuất phát từ thực tiễn nêu trên, việc giám sát và dự báo chất lượng nước trong hệ thống công trình thuỷ lợi Liễn Sơn, phục vụ sản xuất nông nghiệp là hết sức cần thiết.
