Việt Nam có bờ biển trải dài trên 3.260 km, với 3.000 hòn đảo lớn, nhỏ và 2 quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Số liệu thống kê đến nay cho thấy, biển Việt Nam nằm trong vùng có tính đa dạng sinh học (ĐDSH) khá cao, xếp thứ 16 trong số các quốc gia có ĐDSH cao nhất trên thế giới với hơn 11.000 loài sinh vật biển đã được phát hiện.
Trong đó, có khoảng 6.000 loài động vật đáy, hơn 2.000 loài cá, 225 loài tôm biển, 15 loài rắn biển, 12 loài thú biển, 5 loài rùa biển, 43 loài chim nước, 653 loài rong biển, 657 loài động vật phù du, 94 loài thực vật ngập mặn, 14 loài cỏ biển, khoảng hơn 400 loài san hô.
Các loài này cư trú trong hơn 20 kiểu hệ sinh thái điển hình, có năng suất sinh học cao và quyết định toàn bộ năng suất sơ cấp của toàn vùng biển. Các đặc trưng nêu trên tạo nên tính đa dạng về cảnh quan tự nhiên, sinh thái và nguồn lợi hải sản; có vai trò vô cùng quan trọng cho phát triển bền vững ngành kinh tế biển Việt Nam.
Hiện nay, ngành thuỷ sản được Đảng và Nhà nước xác định là một trong 5 ngành kinh tế biển then chốt tại Nghị quyết số 36-NQ/TW. Trong những năm qua, ngành thủy sản đã có những bước phát triển mạnh mẽ, tạo ra nhiều sản phẩm, hàng hóa có giá trị cao phục vụ cho tiêu dùng trong nước và xuất khẩu. Sự phát triển của ngành thủy sản đã góp phần quan trọng vào mục tiêu xóa đói giảm nghèo, cải thiện sinh kế cho cộng đồng ngư dân, bảo vệ chủ quyền biển, đảo của Tổ quốc.
Các hệ sinh thái biển, ven biển đóng vai trò quan trọng trong việc duy trì ĐDSH, cung cấp nguồn lợi hải sản, điều hòa thời tiết, khí hậu và là “cơ sở hạ tầng” tự nhiên chống đỡ thiên tai và biến đổi khí hậu. Đặc biệt, các hệ sinh thái này đã tạo nên tiềm năng bảo tồn thiên nhiên biển rất to lớn, cung cấp các dịch vụ quan trọng để phát triển ngành, nghề kinh tế biển theo hướng bền vững như nghề cá, nuôi trồng, du lịch biển…
Tuy nhiên, xu hướng tiến ra biển, khai thác các nguồn tài nguyên, làm giàu từ biển đang ngày càng gia tăng. Đồng thời, tình trạng ô nhiễm môi trường biển, phá hủy ĐDSH, cạn kiện tài nguyên biển cũng dần trở nên đáng báo động, gây ra nhiều thiệt hại nghiêm trọng, ảnh hưởng đến sự phát triển kinh tế - xã hội. Do đó, công tác bảo tồn, gìn giữ ĐDSH, ngăn ngừa tình trạng ô nhiễm môi trường biển cũng như bảo vệ và khai thác hợp lý tài nguyên thiên nhiên biển càng trở nên cấp bách.
Để bảo đảm tính bền vững của các vùng biển và các ngành kinh tế biển dựa vào nguồn lợi tự nhiên, các khu bảo tồn biển được xem là một công cụ quản lý hữu hiệu.
Hệ thống các khu bảo tồn biển được thành lập không chỉ góp phần đảm bảo cân bằng sinh thái vùng biển, bảo vệ ĐDSH, bảo đảm chức năng điều hoà môi trường, cung cấp nguồn giống và nguồn lợi hải sản mà còn có ý nghĩa to lớn trong việc phát triển kinh tế địa phương bền vững, nghiên cứu khoa học, y tế, giáo dục cộng đồng, giải trí và du lịch sinh thái.
Bên cạnh đó, việc thiết lập và vận hành hiệu quả hệ thống các khu bảo tồn biển, khu bảo tồn đất ngập nước góp phần bảo toàn tính bền vững của các vùng biển, nền tảng quan trọng để phát triển kinh tế biển xanh dựa vào các nguồn lực tự nhiên như nghề cá, du lịch và các dịch vụ đi kèm. Đồng thời, hoạt động này có ý nghĩa pháp lý to lớn, góp thêm cơ sở, cung cấp các công cụ hành chính, pháp luật trong việc đấu tranh bảo vệ chủ quyền, các quyền và lợi ích của nước ta ở Biển Đông phù hợp luật pháp quốc tế, bao gồm Công ước Liên hiệp quốc về Luật biển 1982.
Ngoài ra, các khu bảo tồn biển còn là yếu tố quan trọng của vấn đề môi trường, di cư của các loài hải sản xuyên biên giới trong vùng Biển Đông mà các nước trong khu vực đang quan tâm. Việc thành lập và quản lý hiệu quả các khu bảo tồn biển, khu bảo tồn đất ngập nước ven biển trong vùng biển nước ta còn góp phần thực hiện các cam kết quốc tế như: Mục tiêu thiên niên kỷ (Johannesburg, 2002); Paris (2015) về các mục tiêu phát triển bền vững, trong đó, có mục tiêu 14 về bảo tồn và sử dụng bền vững tài nguyên biển và đại dương; Công ước về Đa dạng sinh học (CBD, 1992).